Как загрузить файл из github в google colab
Есть ли рекомендуемые методы для интеграции git с colab?
Например, можно ли работать с кодом из репозиториев Google или подобных?
Для git-функциональности нельзя использовать ни Google-накопитель, ни облачное хранилище.
Поэтому мне было интересно, есть ли способ сделать это?
ОТВЕТЫ
Ответ 1
git установлен на машине, и вы можете использовать ! для вызова команд оболочки.
Например, чтобы клонировать репозиторий git :
Ответ 2
Если вы хотите клонировать частный репозиторий, самым быстрым способом будет:
Ответ 3
Чтобы защитить имя пользователя и пароль своей учетной записи, вы можете использовать getPass и объединить их в команде оболочки:
Ответ 4
Вы можете использовать протокол ssh для соединения вашего частного хранилища с colab
Создайте пары ключей ssh на локальном компьютере, не забудьте сохранить
парафраз пустой, проверьте этот учебник.
Загрузите его в colab, проверьте следующий снимок экрана
from google.colab import files
uploaded = files.upload()
Переместите пары ssh kay в /root и подключитесь к git
Аутентифицируйте свой личный репозиторий, проверьте ключи развертывания для каждого репозитория.
Ответ 5
В качестве резюме по приведенной выше ссылке вы должны выполнить следующие действия:
1- подключите среду выполнения Google Colab к Google Диску с помощью следующих команд:
Для этого потребуется процесс аутентификации. Делай все, что нужно.
2- Установите current directory путь, по которому вы хотите клонировать проект Git:
не забудьте использовать ! в начале команды cd .
3- Клонировать проект Git:
теперь у вас будет клонированный проект Git в папке projects на вашем Google Диске (который также подключен к вашей машине времени выполнения Google Colab)
4- Перейдите на свой диск Google (с помощью браузера и т.д.), Затем перейдите в папку "проекты" и откройте файл .ipynb , который вы хотите использовать в Google Colab.
5- Теперь у вас есть среда выполнения Google Colab с .ipynb , который вы хотели использовать, который также подключен к вашему Google Диску, и все клонированные файлы git находятся в хранилище времени выполнения Colab.
Примечание:
1- Убедитесь, что ваша среда выполнения Colab подключена к Google Drive. Если он не подключен, просто повторите шаг № 1 выше.
2- Дважды проверьте с помощью команд "pwd" и "cd", что current directory относится к клонированному проекту git в Google Drive (шаг № 2 выше).
Ответ 6
Три шага для использования git для синхронизации colab с github или gitlab.
Создайте пару закрытого-открытого ключа. Скопируйте закрытый ключ в системную панель управления для использования на шаге 2. Вставьте открытый ключ в github или gitlab в зависимости от ситуации.
В Linux ssh-keygen может использоваться для генерации пары ключей в
/.ssh. Результирующий закрытый ключ находится в файле id_rsa, открытый ключ - в файле id_rsa.pub.
В Colab выполните
Используйте git, чтобы тянуть/толкать как обычно.
Эта же идея может быть использована для rsync между colab и HostA с небольшими изменениями:
-
Создайте пару закрытого-открытого ключа. Скопируйте закрытый ключ в системную панель управления для использования на шаге 2. Вставьте открытый ключ в author_keys в .ssh в HostA.
В Colab выполните
HostA >>/root/.ssh/known_hosts, похоже, не работает с IP.
- Используйте rsync для синхронизации файлов между colab и HostA как обычно.
Ответ 7
Самый простой и простой способ клонировать ваше личное репозиторий в Google colab приведен ниже.
- Ваш пароль не будет раскрыт
- Хотя ваш пароль содержит специальный символ, он также работает
- Просто запустите приведенный ниже фрагмент в ячейке Colab, и он будет выполнен в интерактивном режиме
Ответ 8
Смонтируйте диск, используя:
Чтобы клонировать репо на вашем диске
Доступ к другим файлам из репо (пример: helper.py - это другой файл репо):
Ответ 9
Это работает, если вы хотите поделиться своим репо и колабом. Также работает, если у вас есть несколько репо. Просто бросьте это в камеру.
Ответ 10
Google Colaboratory — бесплатная среда Jupyter Notebook, которая выполняется на облачных серверах Google и позволяет использовать аппаратное оборудование бэкенда, например GPU and TPU. В результате вы можете работать со всеми возможностями Jupyter Notebook, не устанавливая его на локальной машине.
Colab поставляется (почти) со всеми настройками, позволяющими начать процесс программирования, за исключением датасетов. Как же с помощью Colab получить к ним доступ?
В данной статье мы рассмотрим:
- как загружать данные в Colab из разных источников;
- как произвести обратную запись из Colab в эти источники данных;
- ограничения Google Colab при работе с внешними файлами.
Операции с директориями и файлами в Google Colab
Поскольку Colab позволяет делать все, что угодно, в локально размещенном Jupyter Notebook, то появляется возможность работать с командами оболочки, такими как ls , dir , pwd , cd , cat , echo и т.д., с помощью магической команды для строки ( % ) или bash-команды ( ! ).
Для просмотра структуры директории воспользуйтесь панелью файлового менеджера слева.
Как загружать и скачивать файлы в/из Google Colab
Поскольку блокнот Colab размещается на облачных серверах Google, то по умолчанию отсутствует прямой доступ к файлам на вашем локальном диске (в отличие от расположенного на компьютере блокнота) или в любой другой среде.
Однако Colab предоставляет разные варианты подключения к практически любому источнику данных. Посмотрим, как это происходит.
Обращение к GitHub из Google Colab
Вы можете либо клонировать весь репозиторий GitHub в среду Colab, либо получить доступ к отдельным файлам по их необработанной ссылке.
Клонирование репозитория GitHub
Клонирование репозитория Github в среду Colab происходит по такому же принципу, как и на локальный компьютер, а именно с помощью git clone . По завершении этой процедуры обновите менеджер файлов для просмотра содержимого.
И теперь файлы можно читать точно так же, как и на локальном компьютере.
Скачивание отдельных файлов непосредственно с GitHub
Если для работы нужно лишь несколько файлов, а не весь репозиторий, то можно обойтись без его клонирования в Colab и скачать эти файлы непосредственно с GitHub.
- Кликните на файл в репозитории.
- Кликните на View Raw.
- Скопируйте URL необработанного файла.
- Используйте этот URL как местоположение файла.
Обращение к локальной файловой системе через Google Colab
Читать и записывать файлы из/в локальную файловую систему можно с помощью менеджера или кода Python.
Обращение к локальным файлам через менеджер файлов
Загрузка файлов из локальной файловой системы через менеджер
Для загрузки любых файлов из локальной файловой системы в текущую рабочую директорию Colab можно воспользоваться опцией Upload в верхней части панели менеджера файлов.
Для загрузки файлов напрямую в поддиректорию нужно:
- Кликнуть на три точки, появляющиеся при наведении курсора на каталог.
- Выбрать опцию Upload.
3. Выбрать файлы для загрузки из диалогового окна File Upload.
4. Подождать завершения загрузки, процесс выполнения которой отображается в нижней части панели менеджера файлов.
По окончании процесса загрузки читать файлы можно привычным для вас способом.
Скачивание файлов в локальную файловую систему через менеджер файлов
Кликните на три точки, появляющиеся при наведении курсора на имя файла и выберите опцию Download.
Обращение к локальной файловой системе посредством кода Python
Для осуществления этого шага предварительно требуется импортировать модуль files из google.colab library :
Загрузка файлов из локальной файловой системы посредством кода Python
Применяем метод загрузки объекта files :
В результате открывается диалоговое окно File Upload:
Выбираем файлы для загрузки и ждем завершения. Ход ее выполнения отображается:
Объект uploaded является словарем, где имена файлов и их содержимое хранятся в виде пар “ключ-значение”:
По окончании загрузки считать его можно точно так же, как и любой другой файл из Colab:
Также есть способ считать его напрямую из директории uploaded , используя библиотеку io :
Убедитесь, что имя файла соответствует тому файлу, который вы хотите скачать.
Скачивание файлов из Colab в локальную систему посредством кода Python
Применение метода download объекта files позволяет скачать любой файл из Colab на локальный диск. Процесс выполнения отображается, и по его завершении можно выбрать на локальном компьютере место для сохранения файла.
Обращение к Google Диску из Google Colab
Рассмотрим пошагово, как с помощью модуля drive из google.colab можно смонтировать весь Google Диск в Colab:
1. Выполняем следующий код с целью получения ссылки для аутентификации:
2. Открываем ссылку.
3. Выбираем аккаунт Google, диск которого нужно смонтировать.
4. Разрешаем Google Drive Stream доступ к вашему аккаунту Google.
5. Копируем отображенный код, вставляем его в текстовое окно, как показано ниже, и нажимаем Enter.
Теперь взаимодействовать с Google Диск можно точно так же, как и с каталогом в среде Colab. Любые изменения, связанные с этим каталогом, будут сразу же отображаться на Google Диске, файлы которого вы можете читать как и любые другие.
Кроме того, можно даже напрямую делать запись из Colab на Google Диск, применяя обычные операции с файлами/каталогами.
Эта команда создаст файл на Google Диске, который отобразится на панели менеджера файлов при ее обновлении:
Обращение к Google Таблицам из Google Colab
Для обращения к Google Таблицам:
- Прежде всего, необходимо аутентифицировать аккаунт для соединения с Colab. С этой целью выполняем следующий код:
2. В результате получаем ссылку для аутентификации и открываем ее.
3. Выбираем аккаунт Google для соединения.
4. Разрешаем Google Cloud SDK доступ к вашему аккаунту Google.
5. Наконец, копируем отображаемый код, вставляем его в текстовое окно и нажимаем Enter.
Для взаимодействия с Google Таблицами потребуется импортировать предустановленную библиотеку gspread. Чтобы разрешить ей доступ к вашему аккаунту Google воспользуемся методом GoogleCredentials из предустановленной библиотеки oauth2client.client:
После выполнения кода в текущей рабочей директории будет создан файл adc.json с учетными данными, которые нужны gspread для получения доступа к вашему аккаунту Google.
Теперь создавайте или скачивайте Google таблицы напрямую из среды Colab.
Создание/обновление Google таблицы в Colab
- Создаем рабочую книгу с помощью метода create объекта gc :
3. Прежде всего, открываем рабочую книгу для записи в нее значений:
4. Затем выбираем ячейки для заполнения:
5. Таким образом мы создаем список ячеек с индексами (R1C1) и значениями (на данный момент пустыми). Можно изменить отдельные ячейки, обновив их атрибут значения:
6. Для обновления этих ячеек в рабочей таблице применяем метод update_cells :
7. Все изменения отображаются в вашей Google таблице.
Скачивание данных из Google таблицы
1. Открываем рабочую книгу с помощью метода open объекта gc :
2. Затем считываем все строки отдельной рабочей таблицы, задействуя метод get_all_values :
3. Для загрузки этих данных в датафрейм задействуем метод from_record объекта DataFrame :
Обращение к Google Cloud Storage (GCS) из Google Colab
Для работы с GCS необходим проект Google Cloud (GCP). Вы можете создавать и подключаться к корзинам GCS в Colab через предустановленную утилиту командной строки gsutil .
1. Сначала указываем ID проекта:
2. Для доступа к GCS проводим аутентификацию вашего аккаунта Google:
3. Выполнив вышеуказанный код, получаем ссылку для аутентификации и открываем ее.
4. Выбираем аккаунт Google для соединения.
5. Разрешаем доступ Google Cloud SDK к вашему аккаунту Google.
6. Теперь копируем отображаемый код, вставляем его в текстовое окно и нажимаем Enter.
7. Затем настраиваем gsutil для работы с проектом:
8. Вы можете создать корзину с помощью соответствующей команды mb (“make bucket”). У корзин GCP должны быть универсальные уникальные имена, поэтому воспользуемся предустановленной библиотекой uuid для создания такого рода ID:
9. Как только корзина готова, загружаем в нее файл из среды Colab:
По завершении скачивания файл отображается на панели менеджера файлов в Colab в указанном месте.
Обращение к AWS S3 из Google Colab
Для доступа к S3 из Colab потребуется создать аккаунт AWS, настроить IAM, а также сгенерировать ключ доступа и секретный ключ доступа. Необходимо также установить библиотеку awscli в среду Colab:
1. Устанавливаем библиотеку awscli:
2. После установки запускаем настройку AWS командой aws configure :
3. Вводим access_key и secret_access_key в текстовое окно и нажимаем Enter:
Теперь можно скачивать любые файлы из S3:
filepath_on_s3 позволяет указать один файл или подобрать несколько файлов по шаблону.
Вам придет уведомление о завершении скачивания, после чего файлы будут доступны в заданном месте для дальнейшего использования.
Для загрузки файла просто поменяйте местами аргументы источника и назначения:
file_to_upload позволяет указать один файл или подобрать несколько файлов по шаблону.
Обращение к датасетам Kaggle из Google Colab
Для скачивания датасетов из Kaggle требуется наличие аккаунта и API-токена.
4. После создания файла kaggle.json в Colab и установки библиотеки Kaggle приступаем к поиску датасета с помощью следующей команды:
5. Скачиваем нужный датасет с помощью команды:
Датасет будет загружен и доступен по указанному пути (в данном случае /content/kaggle/ ).
Обращение к базам данных MySQL из Google Colab
1. Для работы с реляционными базами данных необходимо импортировать предустановленную библиотеку sqlalchemy.
2. Вводим данные для подключения и создаем движок:
3. Создаем SQL-запрос и загружаем его результаты в датафрейм с помощью pd.read_sql_query() :
Ограничения Google Colab при работе с файлами
При работе с Colab важно помнить о том, что доступ к загружаемым файл ограничен по времени. Colab — это временная среда, в которой тайм-аут простоя составляет 90 минут, а абсолютный тайм-аут — 12 часов. Это значит, что отключение среды выполнения происходит в случае 90 минутного простоя или 12-ти часового использования. Такое отключение приводит к потери всех переменных, состояний, установленных пакетов и файлов, вследствие чего при повторном подключении вас ждет встреча с абсолютно новой и чистой средой.
Кроме того, дисковое пространство Colab ограничено 108 Гб, только 77 Гб из которых доступны пользователю. Этого объема достаточно для решения большинства задач, но вот при работе с крупными датасетами, например изображениями или видео, данное обстоятельство нельзя упускать из внимания.
Заключение
Google Colab — превосходный инструмент для тех, кто стремится обуздать мощь высокопроизводительных вычислительных ресурсов, таких как GPU, без оглядки на их стоимость.
В данной статье мы рассмотрели большинство способов, благодаря которым вы сможете максимально продуктивно работать с Google Colab, читая внешние файлы или данные в Google Colab и производя обратную запись из нее в эти внешние источники данных.
В зависимости от сценария использования или архитектуры данных вы можете запросто применять вышеописанные методы для подключения источника данных напрямую к Colab и приступать к программированию.
Каковы обычные способы импорта личных данных в записные книжки Google Colab Laboratory? Можно ли импортировать непубличный гугл лист? Вы не можете читать из системных файлов. Вступительные документы ссылаются на руководство по использованию BigQuery , но это кажется немного . много.
Самый простой способ обмениваться файлами - это подключить Google Drive.
Для этого запустите следующее в ячейке кода:
Вам будет предложено перейти по ссылке РАЗРЕШИТЬ «Поток файлов Google» для доступа к вашему диску. После этого будет показан длинный буквенно-цифровой код авторизации, который необходимо ввести в записную книжку вашего Colab.
После этого ваши диски будут смонтированы, и вы сможете просматривать их с помощью браузера файлов на боковой панели.
Загрузить
Список каталогов
Сохраненные файлы хранятся на диске Google пользователя или на сервере, к которому подключен ноутбук? этот ответ должен быть наверху. Речь идет об импорте данных, а не о монтировании Google Drive.Простой способ импортировать данные из вашего googledrive - это экономит время людей (не знаю, почему Google просто не перечисляет этот шаг в явном виде).
УСТАНОВИТЬ И АУТЕНТИФИЦИРОВАТЬ PYDRIVE
если вам нужно загрузить данные с локального диска:
выполнить, и это будет отображать кнопку выбора файла - найти файл загрузки - нажмите открыть
После загрузки отобразится:
СОЗДАТЬ ФАЙЛ ДЛЯ ЗАПИСИ
Если ваш файл данных уже находится в вашем gdrive, вы можете пропустить этот шаг.
Теперь это в вашем диске Google. Найдите файл на вашем диске Google и щелкните правой кнопкой мыши. Нажмите «поделиться ссылкой». Вы получите окно с:
Скопируйте - '29PGh8XCts3mlMP6zRphvnIcbv27boawn' - это идентификатор файла.
В вашей записной книжке:
Импорт данных в записную книжку
Чтобы импортировать данные, загруженные в записную книжку (в данном примере файл json, способ загрузки зависит от типа файла / данных - .txt, .csv и т. Д.):
Теперь вы можете распечатать, чтобы увидеть данные там:
Стоит отметить, что предложение UPLOADING , via google.colab.files.upload() , похоже, не работает ни на Firefox, ни на Safari, только на Chrome. Смотрите здесьШаг 1. Подключите ваш Google Drive к совместной работе.
Шаг 2. Теперь вы увидите файлы Google Диска на левой панели (проводник). Щелкните правой кнопкой мыши файл, который нужно импортировать, и выберите «Копировать путь». Затем импортируйте как обычно в пандах, используя этот скопированный путь.
Побеждает на четкость и краткость и имеет равную эффективность. Я не вижу преимущества в гораздо более сложных способах сделать это.Самый простой способ, который я сделал, это:
- Сделайте репозиторий на GitHub с вашим набором данных
- Клонировать Ваш репозиторий с! git clone --recursive [РЕЙТ GITUB LINK]
- Найдите, где находятся ваши данные (команда! Ls)
- Откройте файл с пандами, как вы делаете это в обычном блокноте Jupyter.
Это позволяет загружать ваши файлы через Google Drive.
Запустите приведенный ниже код (нашел это где-то ранее, но я не могу найти источник снова - кредиты тому, кто его написал!):
Нажмите на первую появившуюся ссылку, которая предложит вам войти в Google; после этого появится другое, которое попросит разрешения на доступ к вашему Google Диску.
Затем запустите этот файл, который создаст каталог с именем «drive» и свяжет с ним ваш Google Drive:
Если вы сделаете !ls сейчас, будет каталог диска, и если вы сделаете это, !ls drive вы можете увидеть все содержимое вашего Google Диска.
каковы общие способы импорта личных данных в ноутбуки Google Colaboratory? Можно ли импортировать непубличный Google лист? Вы не можете читать из системных файлов. Вводные документы ссылаются на руководство по использованию BigQuery, но это кажется немного. много.
самый простой способ обмена файлами-подключить Google Диск.
для этого выполните следующее в ячейке код:
после этого, ваши файлы диска будет смонтирован, и вы можете просматривать их с помощью файлового менеджера в стороне панель.
загрузить
скачать
список каталогов
простой способ импорта данных из вашего googledrive-это экономит время людей (не знаю, почему google просто не перечисляет этот шаг за шагом явно).
УСТАНОВКА И АУТЕНТИФИКАЦИЯ PYDRIVE
если нужно загрузить данные с локального диска:
выполнить, и это отобразит кнопку Выбрать файл - найти файл загрузки-нажмите Открыть
после загрузки, он будет отображаться:
СОЗДАТЬ ФАЙЛ ДЛЯ НОУТБУКА
если файл данных уже находится в вашем gdrive, вы можете перейти к этому шагу.
теперь он находится в вашем Google Диске. Найти файл на Google Диске и щелкните правой кнопкой мыши. Нажмите получить доступ по ссылке. Вы получите окно с:
Copy - '29PGh8XCts3mlMP6zRphvnIcbv27boawn' - это идентификатор файла.
в своем блокноте:
ИМПОРТ ДАННЫХ В Тетрадь
чтобы импортировать данные, загруженные в ноутбук (файл json в этом примере-как вы загружаете, будет зависеть от типа файла / данных - .формат txt.,КШМ и т. д. ):
теперь вы можете распечатать, чтобы увидеть данные там:
самый простой способ, который я сделал:
- сделать репозиторий на GitHub с вашим набором данных
- клонируйте свой репозиторий ! git clone --рекурсивный [GitHub LINK REPO]
- найти, где ваши данные ( !команда ls )
- откройте файл с пандами, как вы это делаете в обычном ноутбуке jupyter.
это позволяет загружать файлы через Google Диск.
запустите приведенный ниже код (нашел это где - то раньше, но я не могу найти источник снова-кредиты тому, кто его написал!):
нажмите на первую ссылку, которая появится, которая предложит вам войти в Google; после этого появится другой, который попросит разрешения на доступ к вашему Google Диску.
затем запустите это, которое создает каталог с именем "диск" и связывает ваш Гугл Диска:
если вы !ls теперь будет диск каталога, и если вы сделаете !ls drive вы можете увидеть все содержимое вашего Google Диска.
так, например, если я сохраню свой файл под названием abc.txt в папке ColabNotebooks в моем Google Диске я теперь могу получить доступ к нему через путь drive/ColabNotebooks/abc.txt
самое простое решение, которое я нашел до сих пор, которое отлично работает для небольших и средних файлов CSV:
Это может работать или не работать для чтения текстового файла строка за строкой или двоичный файлы.
Читайте также: