Jcamp dx чем открыть
Масс-спектрометрия - это научный метод измерения отношения массы к заряду ионов. Его часто сочетают с хроматографическими методами, такими как газовая или жидкостная хроматография, и он нашел широкое применение в областях аналитической химии и биохимии, где его можно использовать для идентификации и характеристики малых молекул и белков ( протеомика). Большой объем данных, полученных в типичном масс-спектрометрическом эксперименте, требует использования компьютеров для хранения и обработки данных. На протяжении многих лет различные производители масс-спектрометров разработали различные собственные форматы данных для обработки таких данных, что затрудняет непосредственное управление своими данными академическими учеными. Для устранения этого ограничения, несколько открытых , XML -Ы форматов данных недавно были разработаны Транс-протеомных трубопроводом в Институте системной биологии для облегчения манипулирования данных и инноваций в государственном секторе. [1] Эти форматы данных описаны здесь.
JCAMP-DX
Этот формат был одной из первых попыток предоставить стандартизированный формат файла для обмена данными в масс-спектрометрии. JCAMP -DX изначально был разработан для инфракрасной спектрометрии. JCAMP-DX - это формат на основе ASCII , поэтому он не очень компактен, хотя и включает стандарты сжатия файлов. JCAMP был официально выпущен в 1988 году. [2] Совместно с Американским обществом масс-спектрометрии был разработан формат JCAMP-DX для масс-спектрометрии с целью сохранения устаревших данных. [3]
ANDI-MS или netCDF
Формат обмена аналитическими данными для масс-спектрометрии - это формат обмена данными. Многие пакеты программного обеспечения для масс-спектрометрии могут читать или записывать файлы ANDI. ANDI указан в стандарте ASTM E1947. [4] ANDI основан на netCDF - библиотеке программных инструментов для записи и чтения файлов данных. Изначально ANDI был разработан для данных хроматографии-МС и поэтому не использовался во время золотой лихорадки протеомики, когда были разработаны новые форматы на основе XML . [5]
mzData
mzData была первой попыткой Proteomics Standards Initiative (PSI) от Human Proteome Organization (HUPO) создать стандартизированный формат для данных масс-спектрометрии. [6] Этот формат устарел и заменен на mzML. [7]
mzXML
mzXML - это общий формат файлов на основе XML (расширяемого языка разметки) для протеомных масс-спектрометрических данных. [8] [9] Этот формат был разработан Сиэтлским протеомным центром / Институтом системной биологии, когда HUPO-PSI пытался определить стандартизированный формат mzData, и до сих пор используется в сообществе протеомиков.
Поскольку два формата (mzData и mzXML) для представления одной и той же информации являются нежелательным состоянием, HUPO-PSI, SPC / ISB и поставщики инструментов предприняли совместные усилия для создания единого стандарта, заимствуя лучшие аспекты как mzData, так и mzXML, и предназначен для их замены. Первоначально он назывался dataXML, но официально был объявлен как mzML. [10] Первая спецификация была опубликована в июне 2008 года. [11] Этот формат был официально выпущен на собрании Американского общества масс-спектрометрии в 2008 году и с тех пор является относительно стабильным с очень небольшим количеством обновлений. 1 июня 2009 г. была выпущена версия mzML 1.1.0. По состоянию на 2013 год дальнейших изменений не планируется.
Формат mz5 решает проблемы производительности предыдущих форматов на основе XML. Он использует онтологию mzML, но сохраняет данные с помощью бэкэнда HDF5 для уменьшения требований к пространству для хранения и повышения скорости чтения / записи. [12]
mzMLb
mzMLb - это еще один вариант использования бэкэнда HDF5 для эффективного сохранения необработанных данных. Однако он сохраняет структуру данных mzML XML и соответствует существующему стандарту. [13]
Ириска
Toffee - это открытый формат файлов без потерь для независимой от данных масс-спектрометрии. Он использует HDF5 и нацелен на достижение размеров файлов, аналогичных размерам проприетарных и закрытых форматов поставщиков. [14]
imzML
Стандарт imzML был предложен для обмена данными масс-спектрометрической визуализации в стандартизированном XML-файле на основе онтологии mzML. Он разделяет экспериментальные данные на XML и спектральные данные в двоичный файл. Оба файла связаны универсальным уникальным идентификатором . [15]
Ниже представлена таблица с различными расширениями форматов файлов.
| Компания | Расширение | Тип файла |
|---|---|---|
| Agilent Bruker | .D (папка) | Формат данных Agilent MassHunter, Agilent ChemStation или Bruker BAF / YEP / TDF |
| Agilent / Bruker | .АГА | формат данных прибора |
| Bruker | .BAF | формат данных прибора |
| Bruker | .FID | формат данных прибора |
| Bruker | .TDF | формат данных инструмента timsTOF |
| ABI / Sciex | .WIFF | формат данных прибора |
| ABI / Sciex | .t2d | Формат файлов 4700 и 4800 |
| Воды | .PKL | Формат списка пиков MassLynx |
| Термо ПеркинЭлмер | .СЫРОЙ* | Термо Xcalibur PerkinElmer TurboMass |
| Микромасса ** / Воды | .RAW * (папка) | Waters MassLynx |
| Chromtech Finnigan *** VG | .DAT | Формат файла Finnigan ITDS; Формат данных прибора MAT95 Формат данных MassLab |
| Финниган *** | .РС | Формат данных прибора ITS40 |
| Шимадзу | .QGD | Формат GCMSSolution |
| Шимадзу | .qgd | формат данных прибора |
| Шимадзу | .lcd | Формат данных инструмента QQQ / QTOF |
| Шимадзу | .spc | формат данных библиотеки |
| Bruker / Varian | .СМС | формат данных прибора |
| Bruker / Varian | .XMS | формат данных прибора |
| ИОН-ТОФ | .itm | необработанные данные измерений |
| ИОН-ТОФ | .ita | данные анализа |
| Физическая электроника / ULVAC-PHI | .сырой* | необработанные данные измерений |
| Физическая электроника / ULVAC-PHI | .tdc | данные спектра |
(*) Обратите внимание, что форматы RAW каждого производителя не взаимозаменяемы; программное обеспечение из одного не может обрабатывать файлы RAW из другого.
(**) Micromass была приобретена Waters в 1997 году
(***) Finnigan является подразделением Thermo.
Зрителей
Существует несколько программ просмотра для mzXML, mzML и mzData: MZmine, [16] PEAKS, [17] Insilicos , [18] MS-Spectre, [19] TOPPView (mzXML, mzML и mzData), [20] Spectra Viewer, [21] ] SeeMS, [22] msInspect, [23] jmzML [24] и Mascot Distiller. [25]
Есть вьювер для изображений ITA. [26] Образы ITA и ITM можно анализировать с помощью библиотеки python pySPM. [27]
Конвертеры
Известные конвертеры для mzData в mzXML:
Гермес: Конвертер Java "mzData, mzXML, mzML" для всех направлений: общедоступный, работает с графическим пользовательским интерфейсом, Институт молекулярной системной биологии, ETH Zurich [28] [29] FileConverter: инструмент командной строки, конвертирующий в / из различных форматов масс-спектрометрии, [30] часть TOPP [31]
Известные конвертеры для mzXML:
Институт системной биологии ведет список преобразователей [32]
Известные конвертеры для mzML:
msConvert: [33] [34] Инструмент командной строки, конвертирующий в / из различных форматов масс-спектрометрии. Графический интерфейс также доступен для пользователей Windows. ReAdW: [35] Конвертер командной строки Института системной биологии для файлов Thermo RAW, часть TransProteomicPipeline. [36] Последнее обновление этого инструмента было сделано в сентябре 2009 года. Теперь команда разработчиков TPP перенаправляет пользователей на использование программного обеспечения msConvert (см. Выше). FileConverter: инструмент командной строки, конвертирующий в / из различных форматов масс-спектрометрии, [30] часть TOPP [31]
Конвертеры для проприетарных форматов:
msConvert: [33] [34] Инструмент командной строки, конвертирующий в / из различных форматов масс-спектрометрии, включая несколько проприетарных форматов. Графический интерфейс также доступен для пользователей Windows. CompassXport, бесплатный инструмент Bruker, генерирующий файлы mzXML (а теперь и mzData) [ необходима ссылка ] для многих из их собственных форматов файлов (.baf). MASSTransit, программное обеспечение для переключения данных между частными форматами, разработанное Palisade Corporation и распространяемое компаниями Scientific Instrument Services, Inc [37] и PerkinElmer [38] Aston, [39] встроенная поддержка нескольких форматов файлов Agilent Chemstation, Agilent Masshunter и Thermo Isodat. Unfinnigan, [40] встроенная поддержка форматов файлов Finnigan (* .RAW) OpenChrom , программное обеспечение с открытым исходным кодом с поддержкой преобразования различных собственных форматов файлов, включая собственный открытый формат .ocb для хранения хроматограмм, пиков и результатов идентификации [41]
В настоящее время доступны следующие конвертеры:
MassWolf, для формата Micromass MassLynx .Raw mzStar, для формата SCIEX / ABI SCIEX / ABI Analyst wiff2dta [42] для формата SCIEX / ABI SCIEX / ABI Analyst в mzXML, DTA, MGF и PMF
Символьный массив MATLAB, который содержит текст файла JCAMP-DX-formatted.
Выходные аргументы
| JCAMPStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию из файла JCAMP-DX-formatted. |
Описание
JCAMP-DX является форматом файла для инфракрасного излучения, NMR и данных о масс-спектрометрии Совместного комитета по Атомарным и Молекулярным Физическим Данным (JCAMP). jcampread поддержки, считывающие данные из файлов, сохраненных с Версиями 4.24, 5 или 6 из формата JCAMP-DX. Для получения дополнительной информации см.:
JCAMPStruct = jcampread( File ) считывает данные из File , файл JCAMP-DX-formatted, и создает JCAMPStruct , структура MATLAB, содержащая следующие поля.
| Поле |
|---|
| Title |
| DataType |
| DataClass (версия 5.00 и выше) |
| Origin |
| Owner |
| Blocks |
| Notes |
Blocks поле структуры является массивом структур, соответствующих каждому набору данных в файле. Эти структуры имеют следующие поля.
| Поле |
|---|
| XData |
| YData |
| ZData (если несколько блоков) |
| XUnits |
| YUnits |
| ZUnits (если несколько блоков) |
| Notes |
Примеры
Загрузите testdata.zip файл к вашей Текущей папке MATLAB.
Извлеките isas_ms1.dx , файл JCAMP-DX-formatted, от testdata.zip файл к вашей Текущей папке MATLAB.
Считайте данные из файла JCAMP-DX-formatted, isas_ms1.dx , в программное обеспечение MATLAB
Постройте массовый спектр.
Смотрите также
Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
© 1994-2021 The MathWorks, Inc.
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайтеВойти
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
Формат ЯМР файлов.
Спектральные данные пишутся на компьютер, соответственно разные фирмы и разные приборы
имеют разные форматы файлов, которые сложились исторически.
Поэтому приходится для каждого прибора искать свою программу обработки.
Формат DISNMR.
Используется на старых теперь приборах БРУКЕР, у нас зто АМ400 и АС200.
Данные состоят из одного файла - в начале блока 256 24-битовых слов с информацией
о приборе и спектре, далее 16К, 32К или 64К 24-битовых целых чисел, которые представляют
FID. Т.е. размерность 1 точки - 3 байта, таков размер процессора компьютеров АСПЕКТ
(БРУКЕР)!
Формат UXNMR/XWINNMR.
Последние ЯМР спектрометры БРУКЕР, у нас зто DRХ500 и Аv300, используют
иной формат представления спектров.
Снаружи находится папка с именем спектра, внутри нее одна или несколько папок,
имена которых представляют номера экспериментов, например разные ядра, температуры,
2-мерные и тд. Удобно, чтобы первые цифры эксперимента совпадали с номером ядра,
например, 1 - протон, 131 - С13 монорезонанс.
Внутри этой папки находится папка PDATA и несколько файлов. Один из них - FID - и есть
самый нужный, состоит из 4-битовых машинных слов. Для 2-мерного спектра FID заменен на SER.
Остальные файлы представляют текстовые файлы с описанием установок прибора для записи FID.
В папке PDATA обычно одна (иногда несколько папок с цмфровыми именами для разных способов
обработки спектра, например с разным уширением) с преобразованным спектром ( 1r и 1i файлы )
(2rr для 2Д) и текстовые файлы с методами обработки и описанием спектра.
Обычно FTP программы не любят переносить папки, поэтому перед переносом на LFMI
спектр зипуется. Если в имени не было точки, к нему добавляется .ZIP, если точка уже есть,
спектр все равно зипуется!, но .ZIP не добавляется Т.е. спектры с DRX500 и Av300
с LFMI надо раззиповывать всегда.
Прграмма WINNMR преобразует FID из формата DISNMR в UXNMR для своего
внутреннего хранения и обработки.
В DX формате могут посылаться ИК спектры с ВЕКТОР-22.
ДРХ500 и Ав300 также имеют DX выдачу.
DX файлы можно читать программой SPECVIEW.
Рассмотрим основные функции OPUS и дадим общую информацию об окнах OPUS и обработке спектра в данной программе.
Диалоговые окна OPUS аналогичны таковым в Windows. OPUS поддерживает функции перетаскивания, а также копирования (CTRL+C), вырезания (СTRL+X) и вставки (CTRL+V).
Чтобы использовать эти операции, сначала выбираем текст или файл, с которым мы хотим работать. Перетаскивание упрощает процесс копирования и вставки, но может быть использовано только при работе с файлами. В этом случае щелкаем по значку файла в броузере OPUS и нажимая на левую кнопку мыши, перетаскиваем файл в соответствующее диалоговое окно. Когда отпустим кнопку мыши, файл будет автоматически загружен в выбранное диалоговое окно. Диалоговые окна часто состоят из нескольких закладок. Щелкним по ним для перехода. Кнопки и строки меню активны только в том случае, когда они помечены черным. Серые кнопки недоступны.
Рисунок 5 - Пример диалогового окна с четырьмя закладками
Загрузка и выбор файлов
Загрузка диалогового окна спектра
Для загрузки файла, используем команду Загрузить файл из меню Файл; Щелкаем по значку на панели инструментов или переносим файл из Windows Explorer в окно спектра, в окно броузера OPUS или в любое диалоговое окно OPUS; Когда выберем нужный нам файл, диалоговое окно Загрузить спектр покажет следующее:
Рисунок 6 - Загрузить спектр - активный просмотр
а) строка наименования файла указывает директорию, в которой сохранен файл;
b) выпадающий список включает списки директорий для поиска файлов;
с) используя эту стрелку, можно вернуться на предыдущий уровень;
d) этот значок позволяет вернуться в высшую директорию;
е) используя этот значок, можно создать новую директорию;
f) различные опции для демонстрации списка файлов;
g) предыдущее окно показывает небольшой диапазон спектра без осей.
Данные расположены в верхней части окна. Они содержат дополнительную информацию о файле спектра;
h) список файлов выбранной директории;
i) можно вручную ввести имя нужного нам файла в это поле.
j) Также возможно загружать спектры разных форматов, например JCAMP-DX и GRAMS.SPC файлы. Эти файлы будут автоматически переведены в формат OPUS;
k) дополнительная информация, приложенная к файлу OPUS. В некоторых случаях не все параметры, выбранные в выпадающем списке, могут быть использованы для файла спектра. Это значит, что некоторые поля параметров могут остаться пустыми.
Из списка можно выбрать несколько спектров, используя клавиши CTRL или SHIFT во время выбора. В этом случае вместо данных и обзоров спектров будет указано количество выбранных файлов. Нажатием на кнопку Открыть можно загрузить спектр в OPUS, автоматически закрыв окно Загрузить.
Опция выбора файлов
Для выбора файлов нам понадобится функция Выбор файлов при работе в различных диалоговых окнах.
Рисунок 7 показывает клавишу Выбор файлов в окне Коррекция базовой линии.
Закладка Выбор файлов включает поле Файлы для… Файлы со спектрами, нуждающиеся в обработке, должны быть введены в эти поля. Можно использовать опцию перетаскивания для перемещения файлов спектров из окна OPUS или Windows Explorer в эти поля. Если мы выберем файлы со спектрами перед открытием закладки Выбор файлов или два раза щелкнем по блоку данных в окне броузера OPUS, файлы спектров автоматически появятся в соответствующих полях ввода.
Рисунок 7 - Пример опции Выбор файлов
Существуют функции, которые не могут быть использованы для всех типов данных. Например, невозможно произвести конверсию AB<->TR в интерферограмме. В некоторых случаях параметры функций OPUS должны быть установлены перед загрузкой файла. Если выбранные блоки данных могут быть обработаны с помощью функций OPUS, но параметры не соответствуют типу данных, имя файла в поле Files To… будет красным и появится предупреждающий значок ( Рисунок 8).
Рисунок 8 - Преобразование спектра - несоответствие параметров
Чтобы убрать данные из поля Преобразовать файл(ы), выберите текст и используйте клавишу Delete на клавиатуре. Нажатием клавиш Shift или Ctrl Вы можете выбрать несколько файлов из одного поля.
Читайте также: